L'église de Sainte-Agnès est une église paroissiale d’une grande simplicité, qui fut classée monument historique, en 1960. Érigée depuis 1844, cette structure, faite entièrement de bois, lui attribue le fait qu’elle est le temple le plus ancien restant dans tout le comté de Charlevoix. 

Initialement, l’église devait être plus grande et construite en pierres, mais la précarité des ressources financières des habitants a fait en sorte que le bois a remplacé la pierre comme matériau de construction. L’architecture a été profondément inspirée par l’ancienne église de La Malbaie.

De chaque côté du maître-autel, qui prend la forme d’une cathédrale (similitude avec la basilique Saint-Pierre-de-Rome), se dresse un autel pour Saint-Joseph et l’autre pour la Vierge Marie. L’ensemble des autels ornant l’église de Sainte-Agnès est l’œuvre des frères Villeneuve, une famille de sculpteurs de la région de Québec. 

En regardant au-dessus du maître-autel, nous voyons une toile qui domine la nef et qui représente la patronne de l'ancienne paroisse, Sainte-Agnès. D’autres toiles trônent de chaque côté des transepts, représentant l’apparition de la Vierge Marie à Bernadette Soubirous, à Lourdes, ainsi que celle représentant la visite du Sacré-Cœur à Marie Alacquoque.